El CIEDES se creó el 6 de setiembre de 1994 por acuerdo del Consejo Universitario como una unidad adscrita a la Vicerrectoría de Investigación por iniciativa de un grupo de académicos liderados por el Dr. Carlos Quesada Mateo, quien se acogió a su pensión en enero del 2003.

A partir de ese año la dirección del Centro de Investigación, estuvo a Cargo del Dr. Mario Segnini Boza. Durante su gestión se presentaron una serie de dificultades que limitaron el accionar del Centro. Finalmente el Dr Segnini se acogió a la pensión en el año 2007 y partir de entonces esta unidad de investigación quedó prácticamente inactivo.

A inicio del 2008 el Consejo de la Vicerrectoría de Investigación solicitó al Consejo Universitario el cierre del Centro debido a la ausencia de actividad académica y a que la temática del desarrollo sostenible era estudiada por al menos 30 unidades académicas y de investigación de la Universidad de Costa Rica

Sin embargo, al momento de analizarse el tema en el Consejo Universitario, algunas unidades académicas se manifestaron a favor de que el centro continuara su labor, por lo que el Consejo acordó la reapertura del Centro el 18 de marzo del 2010.

En aquel momento la Facultad de Ingeniería, la Escuela de Geografía, la Escuela Centroamericana de Geología, la Escuela de Estudios Generales y la Escuela de Tecnologías manifestaron interés en participar en la reactivación y aportar investigadores para consolidar el Centro.

En los meses siguientes la Vicerrectoría de Investigación elaboró un plan de reactivación del CIEDES en coordinación con las unidades interesadas. En octubre del 2011 se nombró al director y a finales del 2012 se nombraron los integrantes del Consejo Científico, el Consejo Asesor y la subdirectora. A partir de entonces reinició sus actividades.